Τα τρία Τμήματα της Σχολής λειτουργούν έντεκα (11) προγράμματα μεταπτυχιακών σπουδών, αυτόνομα, ενώ συμμετέχουν σε πέντε (5) ακόμη διατμηματικά-διαπανεπιστημιακά προγράμματα.

Τμήμα Νομικής

• Αστικό Δίκαιο (πληροφορίες)
• Δημόσιο Δίκαιο (πληροφορίες)
• Εμπορικό Δίκαιο - Εργατικό Δίκαιο - Πολιτική Δικονομία (πληροφορίες)
• Εξειδικευμένο Δημοσιο Δίκαιο (πληροφορίες)
  (σύμπραξη με το Πανεπιστήμιο Montesquieu-Bordeaux IV)
• Ιστορία και Θεωρία του Δικαίου (πληροφορίες)
• Νομικές Διεθνείς Σπουδές (πληροφορίες)
• Ποινικές Επιστήμες (πληροφορίες)

Τμήμα Οικονομικών Επιστημών

• Διοίκηση και Οικονομική των Τηλεπικοινωνιακών Δικτύων
  (σύμπραξη με το Τμήμα Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών του Ε.Κ.Π.Α.)
• Διοίκηση Υγείας
  (σύμπραξη με το Τμήμα Νοσηλευτικής του Ε.Κ.Π.Α.)
• Εφαρμοσμένη Οικονομική και Χρηματοοικονομική
• Μαθηματικά της Αγοράς και της Παραγωγής
  (σύμπραξη με το Τμήμα Μαθηματικών του Ε.Κ.Π.Α. και το Τμήμα Πληροφορικής του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών)
• Οικονομική Επιστήμη (διεθνές διδακτορικό πρόγραμμα)

Τμήμα Πολιτικής Επιστήμης και Δημόσιας Διοίκησης

• Ευρωπαϊκές και Διεθνείς Σπουδές
• Κράτος και Δημόσια Πολιτική
• Πολιτική Επιστήμη και Κοινωνιολογία
  (σύμπραξη με το Τμήμα Εκπαίδευσης και Αγωγής στην Προσχολική Ηλικία του Ε.Κ.Π.Α.)
• Σπουδές Νοτιοανατολικής Ευρώπης (αγγλόφωνο)